לרפורמה בחקלאות יש גם לא מעט היבטים סביבתיים, וגם להם יש עלות לא מבוטלת – מפליטת מזהמים בשינוע ועד התועלת הסביבתית שמפיקים הצמחים
שרי החקלאות והאוצר, עודד פורר ואביגדור ליברמן, פרסמו זה מכבר טיוטת צו לשימוע ציבורי בנוגע להפחתת מכס על מספר פירות וירקות, כגון אבוקדו, פטריות, אפונה ושעועית. מדובר על שלב אחד משישה, ברפורמה שצריכה להתפרש על חמש שנים, כשהמטרה העיקרית היא לפתוח את השוק לתחרות ולהוזיל את מחירי הפירות והירקות לצרכן.
שימוש במים מותפלים ובמים מושבים, שמקורם במים מותפלים, מחייב גם להוסיף לקרקע מינרלים רבים כמו מגנזיום, שנגרעים מהמים בתהליכים השונים.
לדישון יתר יש השפעות על הקרקע ועל המערכות האקולוגיות באזור, אך גם על פליטת גזי חממה, כיוון שפירוק של דשנים שמכילים חנקן באדמה מייצר חמצן דו-חנקני (גז צחוק) שהוא גז חממה אגרסיבי.
לכן, בהשוואה סביבתית-אקלימית בין מוצר מקומי למוצר מיובא, יש לקחת בחשבון את תהליכי הייצור של הפירות והירקות בשתי המדינות, כלומר את יעילות השימוש באנרגיה, במים ובדשנים. יחד עם זאת, ברור שרכישת מוצרים בחו"ל מעלה את פליטות גזי החממה והמזהמים בכלל שרשרת האספקה של התוצרת בשל השינוע שלהם ממרחקים במטוסים, שמשמעו שריפה של דלקים.
היבט סביבתי נוסף מתייחס להפרת האיזון של המינרלים בקרקע. גידול של מזון שואב מינרלים שונים מהקרקע, וצריכה של אותו המזון במקום אחר ומרוחק, כאשר שאריות המזון נזרקות שם והמינרלים מגעים למערכת הביוב המרוחקת, לא משיבים את המינרלים לאותה הקרקע. כל אלה מפרים את האיזון הטבעי ולא מאפשרים למחזר את המינרלים בצורה מעגלית.
הורדת המחירים באמצעות פתיחת השווקים גורמת לא פעם גם להצפת השוק. המשמעות היא שסחורה רבה תיזרק בסוף, אם אצל החקלאים המקומיים שלא יוכלו למכור את מרכולתם במחיר כדאי, ואם אצל רשתות המזון, הירקנים והצרכנים, שקנו בזול ויותר מדי. אפקט הריבאונד הזה, גורם לא רק לבזבוז מזון רב, ולפי דו"ח של "לקט ישראל" אובדן המזון בישראל בשנת 2020 עמד על כ-2.5 מיליון טונות, כאשר כ-50% מבזבוז המזון בישראל הוא במשקי הבית, הוא גם גורם לבזבוז של כל המשאבים והפליטות שהושקעו בגידול התוצרת. זאת ועוד, פסולת אורגאנית רקבובית מייצרת פליטות גזי חממה נוספים, וביניהם מתאן, שהוא גז חממה אגרסיבי יותר מפחמן דו-חמצני.
לבסוף, לצמחים יש תועלות סביבתיות ואקלימיות רבות, החל בהטמעה וקיבוע של פחמן דו-חמצני מהאטמוספירה בתהליך הפוטוסינתזה ועד לניצול של מים "מים ירוקים"- מים שמקורם במי גשמים שהצטברו באדמה באזור השורשים ומהווים את עיקר המים שמשמשים לחקלאות בעולם, ו"מים מושבים" – מים שמוחזרים לשימוש חקלאי ותעשייתי לאחר טיהור של השפכים מהמזהמים השונים לרמה זו או אחרת.
השיח בנושא הרפורמה בחקלאות הוא שיח כלכלי גרידא, כלומר מה יהיו מחירי הסחורות בשווקים בסופו של יום. זה שיח חשוב, שמשפיע על הכיס של כל אחת ואחד מאיתנו, אך לצד אלה צריכים גם לשקלל ולאזן את העלויות העקיפות של יבוא פירות וירקות מחו"ל, ולא פחות מכך את העלויות העתידיות בראייה כוללת של היערכות למשבר האקלים.